科技研发经费一般分为纵向经费、横向经费、国际合作经费和科研机构自筹经费。

纵向经费是指各级政府部门批准立项的科研项目经费，主要包括三类：1.科学事业费：是指国家用于发展和促进各种科学研究事业的经费支出：主要用于国有科学研究机构的经费拨款或补助，附属于高等院校或部门的研究机构的经费拨款或补助，重要科研项目的研究试验开发费用； 2.科技三项费用：是指国家为支持科技事业发展而设立的新产品试制费、中间试验费和重大科研项目补助费。科技三项费用是国家财政科技拨款的重要组成部分，是实施中央和地方各级重点科技计划项目的重要资金来源； 3.政府设立的科研基金类：国家和省自然科学基金、其他各类基金、国防军工项目经费等。

最近，财政部、科技部为规范中央引导地方科技发展专项资金管理，提高专项资金使用效益联合发布通知。根据此次印发的《中央引导地方科技发展专项资金管理办法》，应该理解为在科技三项费用之外，又新添了一个专项资金种类。专项资金是指中央财政通过专项转移支付安排的，用于支持地方政府围绕国家科技发展战略和地方经济社会发展目标，改善地方科研基础条件，优化科技创新环境，支持基层科技工作，促进科技成果转移转化，提升区域科技创新能力的资金。

新办法与2012年财政部发布的《中央补助地方科技基础条件专项资金管理办法》主要不同在于扩大了专项资金支持的范围，不仅包括支持地方科研基础条件和能力建设，还将地方专业性技术创新平台、地方科技创新创业服务机构、地方科技创新项目示范纳入支持范围。原支持地方科研基础条件建设的资金一般采取直接补助的方式，这次专项支持地方专业性技术创新平台、地方科技创新创业服务机构和地方科技创新项目示范的资金，鼓励地方综合采用直接补助、后补助、以奖代补、贷款贴息、发放创新券等多种投入方式。在资金分配方面，通知明确，专项资金采取因素法分配，分配因素主要包括：体现地方科研综合能力的因素，体现地方创新综合能力的因素和绩效考评因素。

文件强调，事业单位不得将专项资金用于支付各种罚款、捐款、赞助、投资、偿还债务等支出，不得用于编制内在职人员工资性支出和离退休人员离退休费，以及国家规定禁止列支的其他支出。