我国中央和省两级管理、以省级政府管理为主的高等教育管理体制进一步完善，综合性、多科性大学增加，优化了高等教育资源的配置。高校后勤社会化取得新进展，1999年—2004年全国新建大学生公寓约7200万平方米，新建学生食堂1200万平方米，是新中国头50年总和的近3倍，保障了高等教育规模的迅速扩大。高校的办学水平不断提高，“985工程”和“211工程”的实施，缩小了我国高校与世界一流大学的差距。高等职业教育异军突起，招生规模超过本科。

高校学科研究和社会服务水平进一步提升，大学已经成为我国基础研究的主力军、高新技术研究的重要方面军和科技成果转化的强大生力军。2004年度高校获国家自然科学奖、技术发明奖、科技进步奖的份额分别为68％、58％、59％，其中获得国家技术发明一等奖两项，填补了该奖项近几年的空白。高校科技产业产值超过800亿元。